Ele viveu um período vitorioso na Europa, no entanto, resolveu voltar para o Brasil e mesmo com o Botafogo sem muitas condições financeiras, Rafael escolheu defender o clube de coração. No entanto, ele revelou, em entrevista  ao ”ge”, que passou por um sacrifício salarial, mas que não se arrepende de nada.

“O clube estava passando por um momento muito complicado e eu falei “quero jogar no Botafogo, arruma um jeito”. Ele [Durcésio] falou que não tinha como pagar e eu falei que naquele ano ia sem receber. Era um salário de R$ 5 mil só. Acho que esse foi o maior sacrifício. Mas eu quero falar que é tempo de Botafogo. Estou muito feliz. Depois desses dois títulos? Eu já não faria [nada diferente] antes dos títulos, agora depois deles… eu duvido! Eu faria nada diferente”, disse.

O jogador finalizou sua carreira com dois títulos pelo Botafogo em oito dias: Libertadores e o Brasileiro. Aliás, os companheiros de equipe chamaram Rafael para levantar a taça do Brasileirão.

Vale ressaltar que o lateral passou por uma sequência de lesões e não atuava pelo Botafogo desde o início de abril, quando sofreu uma fratura na patela do joelho esquerdo. Na vitória contra o São Paulo, Artur Jorge colocou-o em campo nos minutos finais para selar sua trajetória.

Assim, Rafael fez 40 jogos pelo Botafogo. Seu irmão gêmeo Fábio, que estava no Grêmio, também comunicou aposentadoria aos 34 anos.